Mit Dr. Johann Georg Prinz von Hohenzollern verliert Bayern einen außerordentlich leidenschaftlichen, vielseitigen und profilierten Kunsthistoriker, der zunächst von 1985 bis 1991 als Generaldirektor das Bayerische Nationalmuseum leitete und anschließend von 1991 bis 1998 als Generaldirektor den Bayerischen Staatsgemäldesammlungen in München vorstand.

Er arbeitete seit 1966 für die Bayerischen Staatsgemäldesammlungen zunächst als Referent für Spanische und Französische Malerei und wurde schon bald mit der Neueinrichtung der zahlreichen Zweiggalerien betraut. 1976 wurde er Stellvertreter des Generaldirektors. 1985 wechselte er in das Amt des Generaldirektors des Bayerischen Nationalmuseums.
Ab 1991 führte Johann Georg Prinz von Hohenzollern als Generaldirektor die Bayerischen Staatsgemäldesammlungen. In diese Jahre fallen zahlreiche große und weithin ausstrahlende Ausstellungsprojekte, darunter die richtungweisende, überaus erfolgreiche, von mehr als 226.000 Besuchern besuchte Tschudi-Ausstellung „Manet bis Van Gogh“, die gemeinsam mit der Nationalgalerie in Berlin ausgerichtet wurde und ein ideales Kapitel deutschen Mäzenatentums und internationaler Kunstpflege erhellte.

Dank seiner internationalen Verbindungen und seiner fachlichen Vielseitigkeit konnte er sowohl die klassischen als auch die modernen Bestände der Bayerischen Staatsgemäldesammlungen um bedeutende Erwerbungen erweitern: Das Spektrum reicht von Werken Cy Twomblys bis hin zu François Bouchers „Bildnis der Madame de Pompadour“.
Unter seiner Ägide wurde die Alte Pinakothek grundlegend saniert und 1998 glanzvoll wiedereröffnet. Er verantwortete museumsseitig zudem Planung und Neubau der Pinakothek der Moderne, deren Entstehen er als treibende Kraft vom Wettbewerb über den ersten Spatenstich bis hin zum Richtfest maßgeblich begleitete und prägte. Die Stiftung Pinakothek der Moderne, die als Privatinitiative von Münchner Bürgern in kurzer Zeit die Anschubfinanzierung von 10% der erforderlichen Bausumme zusammenbrachte, wäre ohne das unermüdliche Engagement und den motivierenden Elan des Generaldirektors nicht möglich gewesen.

Diese sowohl erfolgreiche als auch weichenstellende Ära war in höchstem Grade das Ergebnis einer ungewöhnlichen Integrations- und Begeisterungsfähigkeit, mit der es Prinz von Hohenzollern souverän verstand, Kräfte zu mobilisieren, Wogen zu glätten, unterschiedliche Personenkreise zu verbinden und alle motivierend für die Sache in die Pflicht zu nehmen. In einem relativ kurzen Zeitraum gelangen damit zukunftsweisende und ausbaufähige Initiativen, die dem Ansehen und der Außenwirkung der Bayerischen Staatsgemäldesammlungen entscheidend zugute kamen.

1998 trat er mit 66 Jahren aus den Diensten der Bayerischen Staatsgemäldesammlungen.