100 Jahre Museum im Überblick:
1915 werden unter dem Dach des St. Annen-Klosters aus dem Museum am Dom die Bestände des Museums Lübeckischer Kunst- und Kulturgeschichte, teils wieder zusammengeführt, mit denen des Gewerbemuseums gezeigt.
1922 beginnt die Überführung der Gemälde- und Kupferstichsammlung und der Sammlung Overbeck aus dem Museum am Dom in das zu diesem Zweck erworbene Behnhaus in der Königstraße 11. 1926 bestückt Carl Georg Heise (Museumsdirektor von 1920 bis 1933) die Katharinenkirche mit Gipsabformungen von mittelalterlichen Skulpturen aus Lübeck im Ostseeraum und nutzt sie als Museumskirche für Sonderausstellungen.
1937 richtet Hans Schröder (Museumsdirektor von 1934 bis 1946) das Holstentor im Sinne der NS-Ideologie als Wehrmuseum mit den historischen Waffen aus dem St. Annen-Museum ein. Die prähistorischen Bodenfunde und volkskundlichen Objekte wandern aus dem St. Annen-Museum zurück ins Museum am Dom zum Aufbau eines heimatkundlichen Museums. Dort werden sie durch den Bombenangriff vom 28. auf den 29. März 1942 (gen. Palmarum) weitgehend zerstört.

1945 stellt die Hansestadt die Katharinenkirche denjenigen Kirchengemeinden zur Verfügung, deren Gotteshäuser durch den Bombenangriff 1942 zerstört sind. Die Gipsabgüsse wandern ins Depot des St. Annen-Museums.
1946 beginnt unter Hans Arnold Gräbke (Museumsdirektor von 1946 bis 1955) die Rückführung kriegsbedingt ausgelagerter Kunstschätze, Restaurierung, Wiederaufbau und Neuorganisation der Schausammlungen im Holstentor und im St. Annen-Museum. Das Behnhaus dient bis 1949 als Residenz der Britischen Alliierten.
1964 finden die gesamte Graphische Sammlung, Topographie, Portrait- und Fotosammlung durch die Erweiterung des St. Annen-Museums unter Fritz Schmalenbach (Museumsdirektor von 1956 bis 1974) ihren Platz im Verwaltungsgebäude des St. Annen-Museums in der Düvekenstraße.

1974 erhält das Behnhaus unter Wulf Schadendorf (Museumsdirektor von 1974 bis 1985) seine besondere Atmosphäre durch die Kombination von Wohnambiente im Seitenflügel und in der Beletage mit Gemälden der Romantik und klassischen Moderne. 

1981 wird das Drägerhaus, mit Unterstützung von Heinrich und Lisa Dräger erworben, als Erweiterung des Behnhauses für die Präsentation der Klassischen Moderne und die Geschichte der Familie Mann eröffnet.
2003 Mittel der Possehl-Stiftung ermöglichen die Überbauung der Klosterkirchenruine für die Präsentation moderner bildender Kunst. Die Kunsthalle St. Annen verbindet Kunstgenuss mit architekturpreisgekrönten Raumerlebnissen. 2006 werden alle – inzwischen zehn - Lübecker Museen mit einzelnen Hausleitern der zentralen Verwaltung der Kulturstiftung der Hansestadt Lübeck unterstellt.

2013 wird die bestehende Einheit von Kunsthalle St. Annen und St. Annen-Museum zum Museumsquartier St. Annen umbenannt. Durch Stiftungen und Schenkungen haben die Sammlungen unter dem Dach des St. Annen-Museums ihre international nachgefragten Schwerpunkte und Profile erlangt: mittelalterliche sakrale Kunst Graphik und Zeichnungen kulturhistorische und topographische Blätter Fotografie Bildende Kunst nach 1945 Fayencen des Ostseeraumes Profanes Silber Barockglas Möbel Haus- und Zunftgerät Textilien Musikinstrumente Spielzeug