In den nach Erzherzog Stephan Viktor benannten Stephan-Appartements ist seit 2004 das Sisi Museum untergebracht. Anhand von zahlreichen persönlichen Gegenständen Elisabeths wird die wahre Persönlichkeit der vielfach missverstandenen Kaiserin vorgestellt. Die gefühlvolle Inszenierung des renommierten Bühnenbildners Prof. Rolf Langenfass orientiert sich an persönlichen Gedichten der Monarchin und veranschaulicht, wie aus dem unbeschwerten Mädchen Sisi eine rastlose, unnahbare und schwermütige Frau wurde.

Zu den über 300 im Museum ausgestellten Objekten zählen Sonnenschirme, Fächer und Handschuhe der menschenscheuen Elisabeth, Schönheitsrezepte, ihre Totenmaske, die sonst streng unter Verschluss gehaltene originale Attentatsfeile, eine Rekonstruktion von Sisis Polterabendkleid oder ein Teil-Nachbau ihres luxuriösen Hofsalonwagens.

2006 wurde die sogenannte Klauda-Sammlung mit etwa 240 Objekten angekauft. Elisabeths Reiseapotheke, ihre Spielesammlung, eine Waschgarnitur wurden neben anderen Stücken in das Museum integriert, andere Objekte wie das Taufkleid und Sisis Milchzahn werden nur zu bestimmten Anlässen ausgestellt.

2009 wurde das Sisi Museum nach fünf Jahren Betrieb und über 3 Mio Besuchern einer Renovierung und teilweisen Neugestaltung unterzogen. Die Präsentation wurde um einige spektakuläre Exponate ergänzt, darunter das rekonstruierte ungarische Krönungskleid, der schwarze Mantel, mit dem Elisabeth nach dem Attentat zugedeckt wurde, Trauerschmuck sowie die junge Sisi auf ihrer Schaukel.