Das Naturkundemuseum Ostbayern in Regensburg befaßt sich mit der regionalen Naturgeschichte. Wesentliche Grundlage dafür sind die Sammlungen des Naturwissenschaftlichen Vereins Regensburg, die nach der vollständigen Zerstörung im Krieg seit den 50er Jahren des letzten Jahrhunderts erneut aufgebaut wurden.

Die Ausstellungen des Museums, die 1991-1996 neu konzipiert, didaktisch aufbereitet und eingerichtet wurden, widmen sich den geologischen Grundlagen, der erdgeschichtlichen Vergangenheit und der ökologischen Gegenwart der Region Ostbayern. Sie wollen anschauliches und erlebnisorientiertes Naturwissen an interessierte Besucher jeden Alters vermitteln. Zielgruppe sind insbesondere Schulen und Familien mit Kindern.

Das Museum versteht sich außerdem als Forum für lokale Naturfreunde, als Treff- und Informationspunkt für naturkundliche Arbeitsgruppen und Aktivisten. Es versucht, moderne naturwissenschaftliche Forschung der Universität in allgemein verständlicher Form an die interessierte Öffentlichkeit zu vermitteln.

Darüber hinaus will das Haus im Rahmen seiner Möglichkeiten als kultureller Treffpunkt fungieren, mit Konzerten, Lesungen, Schauspiel, künstlerischen Aktionen und vielerlei Veranstaltungen, gemäß dem Leitgedanken „Natur trifft Kultur“.